Laboratoire d'écologie microbienne (LEM)

Lieu : Québec

Adresse :
2700, rue Einstein
Québec
G1P 3W8

Responsable : Richard Hogue

Carte :
 
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L’équipe du Laboratoire d’écologie microbienne (LEM) réalise des analyses de communautés microbiennes et d’identification de microorganismes (bactéries, archébactéries, champignons, micro-faune) dans le cadre de projets de recherche ou de contrats de service analytique. Ces microorganismes peuvent être bénéfiques ou pathogènes à des végétaux ou prélevés dans une biomasse, un sol, l’air , l’eau, ou impliqués dans des processus de traitement d’effluents ou de production d’énergie.

Les méthodes et techniques d’analyses biochimiques, enzymatiques, immunologiques, moléculaires et métagénomiques sont utilisées.

Un service d'analyse du microbiome

Le LEM offre un service de caractérisation taxonomique qualitatif et quantitatif basé sur des analyses de métagénomique ciblées (sur Illumina MiSeq 2X300 pb) permettant l'identification et la caractérisation de l'ensemble des populations de bactéries, d'archaebactéries, de champignons et de microfaune d'un environnement complexe comme un sol, un biofilm ou tout autre écosystème associé à une plante, un animal ou un insecte.

Résultats attendus et applications des analyses:

  • Indices de diversité alpha et beta qui renseignent sur les notions de diversité au sein d'un échantillon ou de la comparaison entre des échantillons différents
  • Identification taxonomique de chaque communauté ou groupe microbien selon son importante relative
  • Interprétations en fonction des traitements et des caractéristiques de l'étude (PCoA, etc.).

Soumettre une demande d'analyse

1. Obtenir de l'information et un numéro de client: Formulaire de nouveau client

2. Faire une demande d'analyse: Formulaire de demande d'analyse

Après avoir effectué le processus de demande d'analyse, vous recevrez une confirmation par courriel de l’enregistrement de la description de vos échantillons ainsi que le numéro de dossier de votre demande d’analyse. Ce numéro sera utilisé pour toutes les communications en lien avec l’enregistrement de la demande d’analyse, le rapport d’analyses et leur facturation.

Nous vous demandons également de nous faire parvenir par courriel la description de vos échantillons (Exemple de fichier excel) à l'adresse thomas.jeanne@irda.qc.ca

Nouvelles

pulem082016

Projets récents

Présentations du LEM

  • AQSSS 2018: Identification d’un indicateur bactérien de la productivité du sol des cultures de pommes de terre suite à l’analyse du microbiome -Résumé
  • AQSSS2018: Effet du travail du sol et de la fertilisation sur la diversité microbienne des sols en culture de soya -Résumé
  • SPPQ2018: Évaluation de la détection moléculaire et de l’observation visuelle pour établir le seuil de nuisibilité de la tache argentée et de la dartrose sur les semences de pommes de terre -Résumé
  • AQSSS 2017: Impact des méthodes d’extraction des ADN sur la diversité bactérienne et eucaryotique de trois types sols agricoles
  • 2e Conférence scientifique candienne en agriculture biologique: Impact of cover crops and combinations of organic fertilizers in organic carrot cropping system assessed by metagenomic analysis of soil bacterial diversity - Résumé
  • ISME 2016: Identification of biological indicators of the soil productivity in potato: grain maize cropping systems using next generation sequencing- Affiche
  • ISS2016: Ecological alternatives to strawberry field fumigation
  • AQSSS 2016: Les nouveaux horizons de la biologie des sols et « l’effet Hubble » des analyses métagénomiques - Résumé
  • AQSSS 2016: Déterminer des indicateurs biologiques de la productivité des sols en culture de pommes de terre à l’aide du séquençage nouvelle génération - Résumé
  • Colloque sur la pomme de terre 2015: Comment le choix d'un précédent cultural peut modifier la santé du sol et le rendement des pommes de terre - Affiche
  • IUSS-CSSS-AQSSS 2015: Study of soil bacterial, fungal and microfauna diversity in potato agroecosystems using high throughput sequencing.
  • IUSS-CSSS-AQSSS 2015: Effect of four previous crops on potato yield and tuber quality and their impact on soil and rhizosphere bacterial communities. Résumé
  • SPPQ 2015: Étude métagénomique de la diversité bactérienne, fongique et microfaunique des sols d’un agro-écosystème pommes de terre.
  • First Global Soil Biodiversity Conference: Effect of four previous crops on potato yield and tuber quality and their impact on soil and rhizosphere bacterial communities -affiche
Lors de ce congrès, le Centre commun de recherche (JRC), service scientifique de la Commission européenne a présenté la publication d'un ouvrage particulièrement intéréssant sur la biodiversité du sol. La version française est gratuite et disponible en version PDF -L'Atlas européen de la biodiversité des sols

Diffusions du LEM

  • Guide des bonnes pratiques de culture et d'enfouissement de la moutarde pour un effet biofumigant -rapport.
  • Alternatives écologiques à la fumigation dans la culture de fraise - rapport.