Laboratoire d'écologie microbienne

Grâce à son laboratoire d’écologie microbienne (LEM), l’IRDA réalise des analyses de communautés microbiennes et d’identification de microorganismes (archées et bactéries, champignons et autres eucaryotes) dans le cadre de projets de recherche ou de contrats de service analytique. Ces microorganismes peuvent être bénéfiques ou pathogènes à des végétaux, ils peuvent être prélevés dans une biomasse, dans un sol, dans l’air ou dans l’eau, ou encore ils peuvent être impliqués dans des processus de traitement d’effluents ou de production d’énergie.

Un service d’analyse du microbiome

Le LEM offre un service de caractérisation taxonomique qualitatif et quantitatif basé sur des analyses de métagénomique (sur Illumina MiSeq 2X300 pb) qui permettent l’identification et la caractérisation de l’ensemble des populations d’archées, de bactéries, de champignons, d’algues, de protozoaires et d’autres eucaryotes d’un environnement complexe comme un sol, un biofilm ou tout autre écosystème associé à une plante, à un animal ou à un insecte.

Liste des analyses offertes

  • Analyse métagénomique Illumina MiSeq (2x300bp) (bactéries, archées, champignons, microfaune)
  • Analyse d’amplification quantitative qPCR * (archées, bactéries, champignons, eucaryotes)
    * utilisée pour quantifier l’ensemble d’une population ou une espèce spécifique
  • Analyse écologique EcoPlate (BIOLOG) pour évaluer l’utilisation de 31 composés
  • Analyse immunologique ELISA
  • Analyse enzymatique (Ex. : Phosphatase, Uréase, Déshydrogénase)

Exemples de résultats

Comparaison de la diversité bactérienne des sols de parcelles en labour (brun) ou en semi-direct (vert).
1 / 4
Richesse des champignons des sols 80 jours après fumigation (orange) ou sans fumigation (vert).
2 / 4
Proportions relatives des groupes fongiques des sols 80 jours après fumigation ou sans fumigation.
3 / 4
Proportions relatives des groupes bactériens en sol de pomme de terre selon le type de précédent cultural.
4 / 4

Résultats attendus et applications des analyses

  • Évaluation de la richesse microbienne d’un échantillon
  • Évaluation de la composition microbienne d’un échantillon
  • Comparaison de la diversité microbienne entre des traitements
  • Identifications taxonomiques de groupes microbiens bénéfiques et pathogènes
  • Détermination des fonctions potentielles des microorganismes d’un échantillon

POUR PLUS D'INFORMATION

Richard Hogue, chercheur

Richard Hogue

Chercheur

Voir la fiche

Thomas Jeanne, professionnel de recherche

Thomas Jeanne

Professionnel de recherche

Voir la fiche