Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers

Description

Le projet propose d’utiliser les techniques de séquençage de haut débit (SHD) pour développer un processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combinant les techniques SHD à des outils d’analyses bio-informatiques innovants permettant de transmettre au phytopathologiste, via une interface conviviale, un verdict quantitatif qui détecte et identifie en une seule analyse tous les virus qui infectent un échantillon.

Pour assurer la détection et l’identification précise de tous les virus des framboisiers et des fraisiers, le projet développera :

• une collection de séquences virales de référence issues du génome de chacun des virus connus;
• une collection d’échantillons asymptomatiques et symptomatiques infectés par un ou plusieurs virus.

Une base de données regroupant toutes les séquences issues du séquençage à haut débit sera couplée à une base de données regroupant les paramètres agronomiques, environnementaux et diagnostiques de chacun des échantillons. Ces collections et bases de données serviront lors des essais visant à démontrer l’efficacité diagnostique supérieure du PDIV comparativement à celle des protocoles de référence utilisés par le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection (LEDP).

Une analyse économique comparera les coûts d’implantation et d’utilisation des tests LEDP et du PDIV, et les gains obtenus de l’application du PDIV.

Objectif(s)

• Développer une méthodologie de détection moléculaire rapide et sensible qui assure l’identification précise des virus des framboisiers et des fraisiers. Ce processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combine les techniques de séquençage à haut débit à d’innovants outils d’analyses bio-informatiques et d’apprentissage machine pour fournir au phytopathologiste un verdict quantitatif et des recommandations.
• Développer une collection d’échantillons virosés et des séquences génomiques de chaque virus ciblé.
• Comparer l’efficacité des méthodes diagnostiques actuelles à celle du PDIV.
• Comparer les coûts d’utilisation et d’implantation des méthodes diagnostiques actuelles et du PDIV.
• Former le personnel du Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ et d’autres utilisateurs potentiels à l’emploi du PDIV, de sa base de données et de son interface conviviale.